Муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение "Средняя общеобразовательная школа № 16" города Новочебоксарска Чувашской Республики была открыта 15 августа 1988 г. решением Новочебоксарского исполкома № 154 от 13.07.1988 г.

В 1988 году школу именовалась  как Средняя общеобразовательная школа № 16 г. Новочебоксарска Чувашской АССР.

Решением исполкома Новочебоксарского Совета народных депутатов № 347 от 28.12.1991 г. средняя школа № 16 переименована в Муниципальная средняя общеобразовательная школа-комплекс № 16 с эстетическим воспитанием и художественным образованием г. Новочебоксарска.

В 1999 году Постановлением Главы администрации г. Новочебоксарска № 333-3 от 15.11.1999 г. переименована в Муниципальное образовательное учреждение "Общеобразовательная школа-комплекс № 16 с эстетическим воспитанием и художественным образованием" г. Новочебоксарска.

Постановлением Главы администрации г. Новочебоксарска № 58 от 01.03.2000 г. школа переименована в Муниципальное образовательное учреждение "Средня общеобразовательная школа № 16" г. Новочебоксарска ЧР.

В 2011 году Постановлением администрации города Новочебоксарска Чувашской Республики № 136 от 01.04.2011 г. школа переименована в Муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение "Средняя общеобразовательная школа № 16" города Новочебоксарска Чувашской Республики